Az 1797-ben alapított Georgikonban kezdettől fogva volt kémiai oktatás, de csak 1865-ben született határozat a "Vegytanári Szék" létrehozásáról, ahol Schenek István vegytudor lett az "Általános földművelési és műszaki vegytudományok" rendes tanára. Oktattak "Általános vegytan, ásványtan és földismeret" és "Földművelési vegytan" tárgyakat. Utóda 1871-től Csanády Gusztáv lett, aki bevezette az "Általános vegytan" c. tárgyat, de emellett "Gazdasági technológiát" és "Borászatot" is oktatott. Csanády Gusztávot Rossberger József, majd 1901-ben Windisch Richárd követte. 1905-től a Gazdasági Tanintézeteket Gazdasági Akadémiákká szervezték át, a tanszéken "Szerves és szervetlen vegytant" oktattak.

Az első világháború alatt szünetelt az oktatás, és az iskola kapui csak 1919-ben nyíltak meg újra. A tanszék élére 1931-ben Schürger (Jászóvári) János, majd 1935-től és 1945-től 1949-ig Kuthy Sándor nyert kinevezést. Kuthy professzor bevezette a mezőgazdasági gyakorlatba a kor színvonalának megfelelő kémiai analitikai módszereket, foglalkozott a trágyakezelés célszerű és gazdaságos eljárásaival, az erjedési folyamatokkal, így a lucerna tartósításának és tárolásának kérdésével.

5 év szünet után, 1954-ben nyílt meg ismét a keszthelyi Mezőgazdasági Akadémia. Végh György, majd Székely Ákos, 1957-1991 között pedig ismét Végh György irányította a tanszéket. 1964-ig Kémiai-Talajtani Tanszék néven működött, a kémia, a talajtan és mikrobiológia és biokémia oktatását végezte. Ekkor a Talajtani részleg önálló tanszékként levált, s a tanszék Kémiai Tanszék elnevezéssel működött tovább. 1972-ben Növényvédőszerkémia részleg szerveződött és működött, amely azonban 1984-ben átkerült a Talajtani és Agrokémiai Intézetbe. E részleg feladata volt a "Növényvédőszerkémia" elméleti és gyakorlati oktatása. 1960-1989 között működött Izotóp Laboratórium feladata a kari kutatómunka izotóptechnikai eszközökkel történő segítése volt. Működése 1989-ben megszűnt. A műszeres laboratórium - bár a Karon már előbb létrejött - szervezetileg 1994 óta tartozik a Kémiai Tanszékhez. 1991-1994 között Tóth Benedek, 1994-1996 között Somlyay István, 1996-2000 között ismét Tóth Benedek, majd 2000-2003 között Kovács Ilona látta el a tanszékvezetői feladatokat.

A Mezőgazdasági mikrobiológia önálló stúdiumként csak a 4 éves főiskola képzés bevezetésekor, az 1957/58-as tanévtől kezdődően került a tantervbe. Egy évig Virágh Árpád vendégelőadó oktatta a tárgyat. 1958-tól az oktatást Galgóczy Béla egyetemi adjunktus vette át. 1964-ben került a Mikrobiológiai Csoporthoz Tóth Benedek, aki a gyakorlati oktatást és a levező oktatást végezte. 2000-től a mikrobiológiai tárgyak felelőse Csitári Gábor. 1987/88-as tanévtől kezdve az alternatív tantárgyi blokkok bevezetésével új tantárgyak oktatása indult: talajbiológia, mikrobiális genetika. Ezeknek köszönhetően örvendetesen nőtt a tanszéken született mikrobiológiai témájú diplomadolgozatok és TDK munkák száma. A tanszék 1995-ben Kémiai és Mikrobiológiai Tanszék néven került bejegyzésre.